Dzięki działaniu 3.1. Inicjowanie działalności innowacyjnej Programu Operacyjnego Innowacyjna Gospodarka w całej Polsce stworzono 43 inkubatory przedsiębiorczości inwestujące w przedsiębiorstwa oparte na innowacyjnych rozwiązaniach produktowych lub usługowych, które mają szansę na osiągnięcie sukcesu rynkowego. Docelowo ma powstać ponad 600 spółek opartych na innowacjach. Wartość alokacji na to działanie wyniosła prawie 580 mln zł, z czego Małopolska Agencja Rozwoju Regionalnego S.A. realizuje projekty na łączną kwotę 26,5 mln zł, co stawia ją na 2 miejscu wśród wszystkich instytucji realizujących projekt.